飼料液相色譜儀硅膠色譜柱在清洗時，強溶劑洗不掉色譜柱上殘留的污染物。然后需要使用更強的溶劑或多種溶劑來清洗色譜柱。一般來說,所有的清潔方法都有相似的模式,使用的溶劑隨著溶劑強度的增加而增加，后一種溶劑通常是非常疏水的(如乙酸乙酯)，可用于溶解非極性物質，如脂類和油脂。使用多種溶劑時，確保每種溶劑都可以與下一種溶劑混溶。在清洗過程結束時，必須使用中等強度的可混溶溶劑返回原始溶劑系統。
以下溶劑可用于硅膠鍵合柱常用的緩沖溶液：
100％甲醇、100％乙腈、75％乙腈-25％異丙醇、100％異丙醇、100％二氯甲烷和100％正己烷。
使用二氯甲烷或正己烷后，因為在使用原始水相溶劑之前必須用異丙醇清洗溶劑相容的色譜柱，所以每種溶劑應清洗至少10倍的色譜柱體積。
要恢復原始溶劑系統，不必沖洗每一步，中間步驟可以跳過。在中間步驟中，可以使用異丙醇，然后使用無緩沖液的流動相，最后恢復初始流動相配置。*是常用的另一種去除污染的溶劑。如果色譜柱被嚴重污染，二甲基亞砜或二甲基甲酰銨和水可以以50∶50的比例混合，并以低于0.5ml/min的流速流過色譜柱反相柱的成功再生是一個非常耗時的過程，并且溶劑洗滌可以通過梯度洗脫系統操作。另一個問題是色譜柱在清洗過程中是否會被反沖，因為大部分強烈保留的污染物會積聚在色譜柱頭上，這反過來會縮短被沖出色譜柱的污染物的移動距離。考慮到填充柱的穩定性，大多數液相色譜柱的填充壓力遠遠高于正常操作壓力，因此它們的床層不應受到反向流速的影響。然而，如果頭部的燒結直徑大于尾部的燒結直徑例如，尾部燒結的孔徑為2μm，這通常可以保持填料的平均孔徑為5μm。如果孔徑大于填充粒度分布曲線的最小粒度，一些填料會通過這些間隙流出色譜柱，這將導致空白空間。
清洗飼料液相色譜儀色譜柱的頻率主要取決于有多少強殘留物質流過色譜柱，因為反相色譜柱有時會在分辨率消失或重影峰出現之前承受大量污染，用戶通常會等到異常情況出現后才開始注意。然而，污染物的過度積累會使清洗色譜柱更加困難。因此，當經常裝載雜質較多的樣品時，應定期清洗色譜柱。
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